Sejak kejatuhan Kerajaan Kesultanan Melaka ke tangan Portugis pada tahun 1511, perang tiga segi di antara Portugis yang menguasai Melaka, Acheh, dan Johor boleh dikatakan sudah perlahan-lahan bermula. Perang ini berlarutan hampir 100 tahun iaitu dari tahun 1536 hingga 1636. Faktor utama penyebab perang tiga segi adalah perebutan Melaka sebagai kuasa besar di Nusantara, perkembangan pesat Acheh sebagai pelabuhan baru selepas Melaka jatuh, kebangkitan Johor, serta faktor keagamaan.
Seperti yang kita tahu Melaka merupakan kota dan pelabuhan yang penting di rantau Nusantara dan Selat Melaka. Jadi tidak hairanlah banyak kuasa luar mahu menawan Melaka termasuk Portugis. Lagi-lagi apabila Portugis mahu mengawal perdagangan rempah di Maluku.
Apabila berjaya menawan Melaka, Portugis memerintah dengan kejam dengan keganasan tidak kira lelaki atau perempuan, anak-anak kecil mahupun orang tua terutama yang beragama Islam. Banyak harta orang Islam telah dirampas termasuk harta milik Sultan Ahmad dan Sultan Mahmud serta para pembesar istana.
Apabila Melaka diserang dan ditawan Portugis, Sultan Melaka ketika itu, Sultan Mahmud Shah lari Pahang dan kemudian ke Bintan, Johor. Baginda kemudian menubuhkan pusat pemerintahan baharu di Kota Kara. Johor berkembang sebagai sebuah kerajaan kuat kerana Portugis menawan kota Melaka dan bukannya keseluruhan kawasan jajahan Melaka. Johor mahu merampas Melaka semula dan telah menyerang Portugis.
Acheh yang juga pada waktu itu di bawah pemerintahan Sultan Ali Mughayat Shah, sudah berkembang sebagai pelabuhan yang sibuk dan maju lebih-lebih lagi apabila Melaka sudah ditawan Portugis. Dek kerana layanan buruk oleh Portugis seperti sekatan dan kadar cukai yang tinggi, pedagang-pedagang Islam memilih untuk ke Acheh berbanding Melaka. Kebijaksanaan pemimpin di Acheh yang tidak mengenakan cukai yang tinggi serta mengalu-alukan pedagang Islam membuatkan Portugis marah.
Hasil perdagangan di Melaka juga semakin berkurangan dengan perkembangan Acheh lantas Portugis mula berasa tergugat. Portugis mula menyerang Acheh pada tahun 1521 namun gagal. Pada 1524, Acheh berjaya menghalau Portugis dari Pedir. Acheh juga ada menyerang Melaka beberapa kali sekitar tahun 1558 hingga 1575 namun tidak pernah berjaya kerana tiada bantuan kerajaan Melayu lain.
Baca juga>>Memalukan Jika Masih ada Ahli Parlimen Jahil Berbahasa Melayu?
Kebangkitan Johor yang menjadi pelabuhan penting menjadi duri dalam daging buat Portugis. Pedagang dari China yang membawa hasil seperti tembikar dan sutera manakala pedagang dari Jawa pula membawa hasil seperti beras amat penting buat Johor dan Portugis. Kedudukan Johor yang strategik dapat mengawal jalan masuk kapal ke Selat Melaka dari selatan menjadikan Johor pelabuhan yang lebih selamat. Ini kerana Johor menggunakan taktik dengan menenggelamkan kapal di utara Selat Melaka menjadikan laluan semakin sempit. Akibat daripada tindakan ini, Portugis menyerang Johor.
Selain daripada mahu menguasai pelabuhan perdagangan, Portugis juga berniat untuk menyebarkan agama Kristian di Nusantara. Tambahan lagi Melaka merupakan pusat penyebaran agama Islam yang penting di rantau ini. Setelah Portugis mendapatkan Melaka, mereka membina beberapa buah gereja dan kegiatan mubaligh semakin berkembang menyebarkan agama Kristian setelah Francis Xavier tiba di Melaka pada tahun 1550 hingga 1553. Namun setelah kejatuhan Melaka, Acheh pula menjadi pusat penyebaran Islam yang baru sehingga digelar Serambi Mekah. Kebencian Portugis terhadap Acheh juga bertambah kerana tidak mahu Islam berkembang oleh kerana pengaruh semangat Perang Salib di antara penganut Islam dan Kristian.
Pelbagai episod perang yang berlaku di antara 3 kuasa besar ini. Acheh dan Johor berkali-kali menyerang Portugis di Melaka namun gagal kerana keutuhan kubu pertahanan Portugis iaitu A’Famosa. Johor juga pernah mengepung Portugis selama tiga bulan namun tidak berjaya. Akibatnya daripada ini, Portugis menyerang Johor dan Acheh kerana merasakan kedua-duanya bekerjasama. Ramai rakyat Johor dan Acheh terkorban akibat serang balas daripada Portugis.
Langkah perdamaian juga pernah diambil oleh Portugis, Acheh, dan Johor. Ekonomi perdagangan di Melaka semakin merosot dan kemajuan Acheh membuatkan Portugis dan Johor akur. Namun perjanjian damai ini tidak bertahan lama apabila kuasa Acheh beransur merosot lemah. Johor berasa lega kerana hanya berdepan dengan Portugis saja untuk dapatkan Melaka semula.
Akibat dari perang tiga segi ini adalah kemunculan kuasa baru iaitu Belanda. Mereka campur tangan kerana berminat dengan ekonomi perdagangan Melaka. Johor telah bekerjasama dengan Belanda untuk menawan semula Melaka. Pada 14 Januari 1641, Portugis berjaya dikalahkan setelah gabenornya menyerah diri. Kesan daripada kejadian ini, Belanda muncul sebagai pemerintah baru di Melaka setelah perjanjian berat sebelah dengan kerajaan-kerajaan Melayu.
